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崇祯十一年中旬，皇太极攻克朝鲜后，阿济格领兵攻克皮岛，斩明将沈世魁等，彻底解除了清朝攻向关内的后顾之忧。
他审时度势，乘李自成攻击山西的之际，派且多尔衮鳌拜等人领军五万夹击，造成卢象升两面受敌，连连失地最后只能龟缩在一些主要城市里节节抵抗，而令一方面皇太极又看准明朝北方各地兵力空虚无法抽调想要乘机攻入关内。
此次他吸取了先前强攻宁远，锦州的受挫的教训，制定了长围久困、迫其出降的作战计划，命郑亲王济尔哈朗、多罗贝勒多铎等人领兵修筑义州城（锦州义县义州镇）义州处于广宁与锦州之间的大凌河畔，地势开阔、土地肥沃，在此筑城屯田，实际上是建立了攻锦的前哨阵地，同时一旦攻锦，此地又是一个绝佳的后勤补给基地。
经过长达一年之久的精心准备，皇太极指挥清军兵临锦州，开始了围城的持久战围城清军分为两班以个月为一期轮番更换。同时清军将锦州城外的庄稼收割完毕，并扫荡清除明军在锦州外围的据点，彻底切断驻锦明军与外部的联系。
历经三个月，皇太极进一步采取措施，在锦州城外筑起座营垒，环城相列，在营垒外深挖壕沟，树起栅木，而各营间又有深壕相连，将锦州围得“水泄不通”。
明军守城主将为昔日袁崇焕帐下大将、征辽先锋大将军祖大寿，其所率军队中有相当一部分是蒙古人，城既被围，遂起叛心，秘密与济尔哈朗联系。
此事被祖大寿侦知，欲计擒叛军首领，无奈行事不密，反被叛军窥破，抢先与明军交战，济尔哈朗闻讯后，趁势攻城，内外夹攻，祖大寿难以支持，只能退人入内城坚守。
锦州东关守将吴巴什降清，清军攻占锦州外城。至此清军完成了对锦州城的包围，“填壕毁堑，声援断绝”
锦州守将祖大寿向明廷报称：“锦城米仅供月余，而豆则未及一月，倘狡虏声警再殷，宁锦气脉中断，则松、杏、锦三城势已岌岌，朝不逾夕矣。”
在这种情况之下，崇祯只好命洪承畴领王朴、杨国柱、唐通、白广恩、曹变蛟、马科、王廷臣、吴三桂八总兵，步骑十三万 会兵于宁远，解锦州之围。
洪承畴部至松山与杏山之间，双方军队在乳峰山战事胶着，几度打战，以至于洪承畴上表请功。“清人兵马，死伤甚多”，清军失利，几至溃败，还将吴三桂列为首功，说：“吴三桂英略独擅，数月来，以廉勇振饬辽兵，战气倍尝，此番斩获功多。
洪承畴不敢冒进，驻扎宁远，以窥探锦州势态。并向朝廷表示：“大敌在前，兵凶战危，解围救锦，时刻难缓，死者方埋，伤者未起。半月之内，即再督决战，用纾锦州之急。”兵部尚书陈新甲以兵多饷艰为由，主张速战速决，催承畴进军，崇祯这个军事白痴再次诏令洪承畴“刻期进兵” ，又分任马绍愉、张若麒为兵部职方主事、职方郎中督促决战。
七月二十六日无奈的洪承畴在宁远誓师，率八总兵、十三万人，二十八日抵锦州城南乳峰山一带，二十九日，命总兵杨国柱率领所部攻打西石门，杨国柱中箭身亡，以原山西总兵李辅明代之。此时明军士气正锐，皇太极对清军失利心急如焚。
皇太极带病急援，以至于路上还流鼻血不止，昼夜兼行500余里，七月二十九日到达锦州城北的戚家堡（辽宁锦县齐家堡）。
皇太极登山岗观看明军阵式，“见洪阵严整，叹曰：人言承畴善用兵，信然，宜我诸将惮之也”。 他看了很久，苦苦思索，见明军是“大众集前，后队颇疏”，便想出了破敌之法，对诸将说：“此阵有前权而无后守，可破也。
他根据明军首尾不相顾的弱点，定下掘壕围困断敌粮道之法，壕深八尺，上广一丈二尺，下极狭窄，仅可容趾，“马不能渡，人不能登，有堕者，无着足处，不得跃起”。
在三十日这一天里，清军拼命掘壕，从锦州西面往南，穿越松山、杏山之间的通道，一直到海口，连掘三道大壕，将明军包围起来，切断了其与后方的一切联系和粮饷供应，洪承畴统兵进攻，双方激战，明军未能闯壕。
洪承畴与清军决战于松山、锦州地区，皇太极秘令阿济格突袭塔山，趁潮落时夺取明军屯积在笔架山的粮草十二堆。
此时，论兵力，双方人数相当，明军火器远远超过清军，本可以决一雌雄，尤其是又已被清军断绝了后路，只有拼死厮杀，方能死中求生，正是处于置之死地而后生的境遇，照说这八大总兵官应当督兵奋战了。可是，十几年来的连战连败，朝廷腐朽无能，调度无方，有功不赏，有过不罚，各级将领早已丧失斗志，唯知保命逃窜。
由于崇祯不顾实情一味催促，洪承畴被迫放弃了“且战且守”的“持久战”，率兵匆匆赶来，此时仅有随军三天粮草，眼看粮道断绝，将士大为恐慌，多有逃跑之心。
在此危急时刻，久经征战的洪承畴召集诸将会议，提出决战突围方针说：“（诸将）当各敕本部力战，予身执桴鼓以从事，解围在此一举。”
可是上有政策下有对策，早就被清军吓破了胆的各部将领，不愿死战，主张逃回宁远。力主速战昏庸无能的兵部尚书陈新甲之亲信监军张若麒也反对决战，希望撤回宁远，这进一步涣散了将士斗志。
洪承畴无可奈何，只好下令于明日突围，说：“往时诸君俱矢报效，今正其会。虽粮尽被围，应明告吏卒：守亦死，战亦死，如战或许死中求生。不肖决意孤注一掷，明天望诸君悉力而为。” 他分遣八总兵为左右路，准备于明日死战突围。皇太极于交战之后料定，明兵缺粮，“今夜敌军必遁”，分遣王公将领进入汛地，阻截明兵。
山东总兵王朴一回营不顾军令连夜便率本部人马首先突围逃跑，结果“各帅争驰，马步自相蹂践”，黑夜中，明兵“且战且闯，各兵散乱，黑夜难认”。总兵吴三桂、王朴等逃入杏山 马科、李辅明等奔入塔山。
洪承畴等人突围未成，困守松山城（锦州松山区松山镇），几次组织突围，皆告失败，不久“转饷路绝，阖城食尽”，松山副将夏承德遣人密约降清，以为内应。
三日后城陷，总兵邱民仰、王廷臣、曹变蛟被杀，洪承畴、祖大乐兵败被俘至沈阳，三月八日，祖大寿率部献城归降，清军占领锦州。
四月二十二日，清军用缴获的红衣大炮已经沈星支援的改装弗朗基炮轰毁杏山城垣，副将吕品奇率部不战而降，松山、锦州、杏山三城尽没，至此松锦大战结束。
洪承畴为表示忠于明室，宣布绝食，到了五月才剃发降清。洪承畴投降以后，明朝不知道他已经变节，崇祯听闻洪承畴殉国，悲痛不已，辍朝特赐祭九坛，祭到第九坛的时候，又得到军报，说洪承畴降清，京城大哗。
